Tutkimuslaitosten rahoituksesta 43% oli valtion budjettirahoitusta ja 57% peräisin erilaisista ulkopuolisista lähteistä vuonna 2021.
Yhteiset TKI-hankkeet yritysten kanssa, EU-rahoitteiset tutkimusprojektit ja päätöksentekoa palveleva tutkimus korostuvat tutkimuslaitosten rahoitusportfoliossa.
Valtion budjettirahoitus tutkimuslaitosten T&K-työhön on vähentynyt 66 miljoonaa euroa (25%) vuosien 2011-2021 aikana. Tämä on ollut seurausta vuonna 2013 käynnistyneestä tutkimuslaitosuudistuksesta, jolloin osa tutkimuslaitosten valtion budjettirahoituksesta siirrettiin uusiin kilpailullisiin rahoitusinstrumentteihin, sekä hallinnonaloihin kohdistuneista rahoitusleikkauksista.
Valtaosa tutkimuslaitosten tutkimuksesta tehdään yhteisrahoitteisissa projekteissa, joissa rahoittaja maksaa osan tutkimusprojektin kuluista ja loppu katetaan valtion budjettirahoituksella. Budjetin ulkopuolisen rahoituksen osuus on noussut ollen 57% tutkimuslaitosten kokonaistutkimusrahoituksesta vuonna 2021.